淋病菌在感染尿道后，会在尿道上造成脓疡，日后结疤的结果会使尿道狭窄，病患会感到小便困难及尿流细小;此外，摄护腺也可能受到侵袭产生摄护腺炎，病患会有会阴部疼痛及下背部疼痛的症状。严重时病患的副睪也会受到伤害而导致不孕。 在性行为时，若行口交则可能会造成淋病性咽炎，行肛交则可能造成直肠炎。受感染的妇女生出来的小孩可能会有结膜炎。感染严重时，细菌侵犯到膝关节内会造成关节炎。而非淋病性尿道炎也可能造成类似的并发症。