男性在性交时产生疼痛，经常发生在勃起和射精时。男性的生殖器疼痛可以是感染或刺激引起的，例如使用杀精子剂。尿道或前列腺的发炎会导致射精时产生疼痛，医药均可治愈。

其它的一些感染-包括性传播疾病如疱疹或生殖疣-可导致当阴茎进入或勃起时的疼痛。如果一个男人的阴茎包皮发炎或过紧，当阴茎回缩时也会感到疼痛。如果性交疼痛是因为感染，用抗生素就可以解决问题。坐浴疗法或放松内衣也可缓解疼痛。

疼痛有时与勃起的阴茎弯曲有关。这种现象主要发生在40-60岁的男人之中。结疤组织堵塞在阴茎内部，当勃起时，结疤组织不能充血，导致阴茎弯曲。这种弯曲不一定会导致疼痛，如果有痛感也会随着时间慢慢消失。